Η ενδομητρίωση μπορεί να εμφανιστεί οποιαδήποτε στιγμή, από την αρχή των εμμηνορροϊκών περιόδων μέχρι την εμμηνόπαυση.

Είναι φυσιολογικό να πονούν οι γυναίκες κατά τη διάρκεια της εμμηνορρυσίας και οι περισσότερες γυναίκες υποφέρουν κάποια στιγμή. Εντούτοις, όταν ο πόνος είναι πολύ έντονος, θα μπορούσε να είναι και ένα από τα συμπτώματα της ενδομητρίωσης. Η ενδομητρίωση είναι η δεύτερη πιο συνηθισμένη γυναικολογική ασθένεια και υπολογίζεται ότι 2 εκ. γυναίκες στη Βρετανία πάσχουν από αυτή.
Το ενδομήτριο είναι ένας ιστός που περιβάλλει τη μήτρα. Κατά τη διάρκεια του εμμηνορροϊκού κύκλου, το ενδομήτριο γίνεται παχύτερο, έτοιμο να λάβει ένα αβγό(ωάριο).Εάν η εγκυμοσύνη δεν εμφανιστεί, ξεκινά η περίοδος, και μετά απ’ αυτήν αρχίζουν νέα στρώματα που αυξάνονται, ως τμήμα του επόμενου μηνιαίου κύκλου. Μερικές φορές αυτά τα ενδομήτρια κύτταρα βρίσκονται αλλού: στις ωοθήκες, έξω από τη μήτρα  Οι μηνιαίοι ορμονικοί κύκλοι κάνουν αυτά τα κύτταρα να αυξηθούν και να χωρίσουν έπειτα όπως στη μήτρα. Αλλά αυτή η εσωτερική αιμορραγία δεν μπορεί να φύγει από το σώμα και έτσι υπάρχει αρκετός πόνος. Όταν ο ενδομήτριος ιστός βρίσκεται στην ωοθήκη μπορεί να διαμορφώσει επίπονες κύστες.
Ο πόνος από την ενδομητρίωση τείνει να γίνει χειρότερος  καθώς ο χρόνος περνά, και όλο και περισσότερη ζημία γίνεται με κάθε εμμηνορροϊκό κύκλο. Ο έντονος πόνος της περιόδου θα πρέπει πάντοτε να διερευνηθεί από το γιατρό σας, ακόμα και αν είχατε πόνους περιόδου από τότε που ξεκίνησε η περίοδος, διότι η ενδομητρίωση μπορεί να προκαλέσει δυνατό πόνο από τις νεαρές ηλικίες.
Ο πόνος στην ενδομητρίωση είναι λίγο διαφορετικός από αυτόν της περιόδου, ο οποίος ξεκινά από την πρώτη ημέρα, συνεχίζεται σε όλη τη διάρκεια της περιόδου με διάχυτο πόνο χαμηλά στην κοιλιά. Ένα άλλο σύμπτωμα που μπορεί να εμφανιστεί όταν πάσχουμε από ενδομητρίωση είναι πόνος κατά τη διάρκεια της σεξουαλικής επαφής οποιαδήποτε μέρα του κύκλου.
Υπάρχει επίσης ένας μεγάλος κίνδυνος στειρότητας στην ενδομητρίωση δεδομένου ότι παρεμποδίζεται η κανονική αναπαραγωγική λειτουργία. Η ενδομητρίωση μπορεί να εμφανιστεί οποιαδήποτε στιγμή, από την αρχή των εμμηνορροϊκών περιόδων μέχρι την εμμηνόπαυση.
Στις πιο πρωτόγονες κοινωνίες, και στις γυναίκες της δεκαετίας του 20 και του 30 η ασθένεια ήταν σχεδόν άγνωστη, διότι οι γυναίκες τότε είχαν λιγότερες περιόδους, είτε γιατί ήταν έγκυες, είτε επειδή θήλαζαν. Στη σύγχρονη εποχή μια γυναίκα σε όλη της τη ζωή περνά περίπου 450 περιόδους, οπότε και υπάρχουν περισσότερες  πιθανότητες να υποστεί βλάβες. Για την πλειοψηφία των γυναικών, ο όρος ενδομητρίωση παύει να υφίσταται στην εμμηνόπαυση.